Genau. Nach der Datenbank sollte man auch schauen. Steht da alles auf utf8mb4 oder utf8? Im ersten Fall gehen alle Smileys und Emojis, im zweiten Fall geht es nicht oder nur mit Smileys, die abgelegte Grafiken nutzen (sofern sich der Pfad zum Ablageort nicht verändert hat) oder größtenteils nicht. Vielleicht stand beim Export und Import in eine neue Datenbank etwas falsch.
Als ich mit XF 2.0 auch Emojis eingeschaltet habe, musste ich die Datenbank konvertieren. Da die Skripte, die XF dazu mitliefert, bei mir Fehler verursachten, habe ich das manuell lösen müssen. Das ging tatsächlich. Im Export der DB habe ich mit Find und Replace den Datentyp angepasst und alles in eine neu angelegte DB importiert.